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mutagene是一個腫瘤突變頻譜數據庫，從ICGA, TCGA等腫瘤項目中收集整理蛋白編碼基因上的體細胞突變數據，分析識別對應的突變頻譜

網址如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/mutagene/
通過Explore菜單，可以查看數據庫中收錄的突變頻譜信息，包括兩個部分

1. Mutational profiles

根據以下4種條件，分別計算突變頻譜

1. Cancer types

2. Primary tumor sites

3. Benign samples

4. Cancer Census Genes

以腫瘤類型為例，結果示意如下

每個突變頻譜用一個MG開頭的編號唯一標識，提供了對應的頻率分布柱狀圖，示意如下

2. Mutational signatures

采用NMF非負矩陣分解算法，從突變頻譜中提取突變特征，提供了以下幾種特變特征

1. MUTAGENE-5 signatures

2. MUTAGENE-10 signaltures

3. COSMIC-30 signatures

結果如下所示

通過Compare可以比較不同的突變頻譜，根據樣本的突變頻譜進行聚類，結果示意如下

多個突變頻譜的比較，結果用熱圖來呈現，定義了以下4種距離來衡量不同突變頻譜之間的差異

1. Chi-squared distance

2. Cosine distance

3. Helliger distance

4. Jensne-Shannon distance

詳細的計算公式可以參考官方文檔，多個頻譜比較的熱圖示意如下

個突變頻譜的比較，結果包含以下4個部分

1. Scatterplot

用散點圖的形式展示突變頻率在兩種頻譜頻譜中的分布，結果示意如下

2. Log-ratio plot

計算兩種頻譜中的頻率比值的對數，大于0代表在一組中高表達，小于0代表在另一組中高表達，用柱狀圖的形式展示log ratio的值，結果示意如下

3. Histograms

將兩種頻譜的柱狀圖放在一起，便于比較，結果示意如下

4.  Distance measures

結果示意如下

除此之外，官網還支持上傳VCF文件，計算突變頻譜等功能，更多用法請參考官網的幫助文檔。

關于“mutagene是什么數據庫”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。

名稱欄目：mutagene是什么數據庫
文章URL：http://m.newbst.com/article4/jegdie.html

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