由于活性炭有多孔吸附的特性，大量的TOC被吸附后會出現微生物繁殖，長時間運行后產生的微生物一旦泄漏至后端處理單元，勢必會對后端處理單元的使用效果產生影響并帶來很大的微生物污染風險，因此需要為活性炭過濾器設置高溫消毒系統，對其產水的微生物指標進行有效控制；

常見的消毒方式：巴氏消毒、蒸汽消毒、紫外線殺菌方式是活性炭過濾器非常有效的消毒方式。其反洗和正洗可參照多介質過濾器。 紫外線殺菌： 和使用率等的藥劑殺菌不同，采用紫外線殺菌完全沒有藥劑殘留，業沒有副產物的生成，消毒效果會一句作用對象的不同而不同。采用UV253.7在1-21mJ/cm2（單位：兆焦耳/平方厘米）的照射劑量下可以進行細菌消毒，炭疽（疽 拼音：jū)菌的芽孢例外，劑量為55mJ/cm2）（90%不活化））。

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